Na próxima segunda começa o VIII workshop da Pós-graduação em Biologia Vegetal da UFMG. Está sendo muito legal organizar o evento! Você está convidado a se juntar a nós e conhecer um pouco mais da pesquisa de nossos colegas.... As incrições são gratuitas!!
Next monday the VIII workshop of the Vegetal Biology Graduate Program of UFMG begins. It's being very exciting to organize it. You are invited to join us and know a bit more of our collegues research... Enrollments are free!! http://viii-ppgbv-workshop.weebly.com/ Se você está trabalhando com regiões não codificantes, provavelmente vai precisar decidir o que fazer com sítios que contenham gaps (indels). A utilização de gaps em análises filogenéticas vem sendo debatida e gera bastante controvérsia (por exemplo, http://statistics.berkeley.edu/sites/default/files/tech-reports/807.pdf). No campo da genética de populações e da filogeografia não é diferente: a utilização de sítios que contenham inserções e deleções deve ser avaliada e exige cuidados especiais. Por exemplo, o software BEAST desconsidera a existência de gaps no cálculo de probabilidades posteriores; caso você acredite que inserções e deleções são informativas e devem ser incluídas na análise, uma boa opção é codificar os gaps com o programa SeqState e incluí-los como uma partição independente de dados, sob o modelo estocástico de Dollo (https://groups.google.com/d/msg/beast-users/ixrGUA1p4OM/P4R2fCDWMUoJ). Por outro lado, se a inserção de tais sítios gera ruído nas análises, é possível removê-los com a aplicação Gap Strip/Squeeze, mantida pelo HIV Sequence Database.
Acima de tudo, a utilização de gaps em análises deve implicar em atenção extra com os alinhamentos. Kelchner (2000) é um bom ponto de partida para iniciar a exploração desse tipo de caráter. |
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Cecilia Fiorini is Ph.D. student and has three main passions: plant evolutionary biology, campos rupestres and music . This blog is a space to share information, news, and curiosities. Archives
November 2016
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