Se você está trabalhando com regiões não codificantes, provavelmente vai precisar decidir o que fazer com sítios que contenham gaps (indels). A utilização de gaps em análises filogenéticas vem sendo debatida e gera bastante controvérsia (por exemplo, http://statistics.berkeley.edu/sites/default/files/tech-reports/807.pdf). No campo da genética de populações e da filogeografia não é diferente: a utilização de sítios que contenham inserções e deleções deve ser avaliada e exige cuidados especiais. Por exemplo, o software BEAST desconsidera a existência de gaps no cálculo de probabilidades posteriores; caso você acredite que inserções e deleções são informativas e devem ser incluídas na análise, uma boa opção é codificar os gaps com o programa SeqState e incluí-los como uma partição independente de dados, sob o modelo estocástico de Dollo (https://groups.google.com/d/msg/beast-users/ixrGUA1p4OM/P4R2fCDWMUoJ). Por outro lado, se a inserção de tais sítios gera ruído nas análises, é possível removê-los com a aplicação Gap Strip/Squeeze, mantida pelo HIV Sequence Database.
Acima de tudo, a utilização de gaps em análises deve implicar em atenção extra com os alinhamentos. Kelchner (2000) é um bom ponto de partida para iniciar a exploração desse tipo de caráter.
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Cecilia Fiorini is Ph.D. student and has three main passions: plant evolutionary biology, campos rupestres and music . This blog is a space to share information, news, and curiosities. Archives
November 2016
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